Národní bezpečnostní úřad vydal po nové certifikaci dne 4. 3. 2010 podle § 46 zákona č. 412/2005 Sb. o ochraně utajovaných informací a o bezpečnostní způsobilosti certifikát č. S000906 informačního systému pro informační systém podnikatele KOMIX s.r.o., 2.0, který je určen pro zpracování utajovaných informací stupně utajení DŮVĚRNÉ. Tento certifikát informačního systému KOMIX platí do 14. 3. 2013.
Společnost KOMIX s.r.o. má také dostatek zaměstnanců potřebných profesí k zabezpečení plnění jednotlivých zakázek, kteří vlastní osvědčení fyzické osoby přístup k utajovaným informacím stupně utajení VYHRAZENÉ a DŮVĚRNÉ.